یکی از دغدغه های اصلی پژوهشگران برای تشخیص قطعی عونت‌های قارچی، جداسازی DNA از قارچ ها می‌باشد. Fredricks و همکارانش در سال 2005 برآن شدند تا روش‌های مختلف استخراج DNA را در مورد دو قارچ آسپرژیلوس و کاندیدا امتحان و بهترین روش را برای محقیقین و آزمایشگاهی ها پیشنهاد دهند. آنها در تحقیقاتشان از 6 روش استفاده کردند که عبارتند از :
- روش MPY که ارزانترین روش بوده و در آن برای لیز قارچ از روش غیر آنزیمی استفاده شد.
- روش UCS که در این روش جذب DNA با تیوب های فیلتردار صورت گرفته و برای لیز علاوه بر حالت فیزیکی از بافر لیز کننده نیز کمک گرفته شد.
- روش FDNA که سریعترین روش بوده و روش جداسازی آن ستونی می‌باشد.
- روش MPPL، این روش گرانترین روش بوده و در آن برای لیز بافت ها از روش غیر آنزیمی استفاده شده و برای رسوب DNA از الکل استفاده شد.
- روش YL-GNOME، از دو روش برای لیز دیواره قارچ ها استفاده شده (آنزیمی و پروتئاز) و DNA هم با الکل رسوب داده شد.
- روش SM که در آن از دترجنت برای لیز استفاده شده و روش ستونی هم برای جداسازی DNA استفاده شد.
روش MPY بیشترین مقدار DNA را در مورد کاندیدا داشته ولی با این وجود این گروه تحقیقاتی اشاره کرده‌اند که هیچ یک از روش ها نمی‌تواند کلمه بهترین را داشته باشد لذا انتخاب روش مناسب بر اساس قارچ و تحقیق متفاوت می‌تواند باشد.
منبع:
Krsek M, Wellington EM. Comparison of different methods for the isolation and purification of total community DNA from soil. Journal of Microbiological Methods. 1999 Dec 31;39(1):1-6.
این روش ها برای هر نوع قارچی (ماکرو و میکرو) جوابگو هست؟